Прошло три года с тех пор, как провалилась очередная попытка Мегатрона установить свою власть над всей Галактикой. Автоботы уверены, что опасность миновала; тем не менее, на Земле по-прежнему несёт вахту небольшая группа защитников под руководством Оптимуса Прайма. Эта предосторожность оказывается не напрасной — приходит день, когда Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлые поражения. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие. В своей борьбе они не одиноки — им оказывают поддержку земные вооружённые силы; кроме того, они подружились с тремя земными подростками — Мико, Джеком и Рафом, и теперь команда роботов и людей сражается, чтобы защитить Землю от десептиконов. Борьба ведётся также и за обладание древними реликвиями, с помощью которых можно возродить жизнь на Кибертроне — родной планете трансформеров.